Erik Nielsen se convirtió en director titular de la Orquesta Sinfónica de Bilbao en septiembre de 2015 y desempeñó el cargo como director musical del Teatro de Basilea de 2016 a 2018. En 2002 comenzó una asociación de 10 años con la Ópera de Fráncfort, comenzando como Korrepetitor (pianista) y más tarde como Kapellmeister. Un año antes de esto, fue arpista en la Filarmónica de Berlín como miembro de su Orchester-Akademie.
El maestro Nielsen estudió dirección de orquesta en el Instituto de Música Curtis en Filadelfia y recibió su licenciatura en oboe y arpa en la Juilliard School of Music.
Algunos de sus próximos proyectos para la temporada 19/20 incluyen Los maestros cantores de Núremberg en Oslo, una gira por China con la Orquesta de la Real Ópera Sueca, además de conciertos en Madrid, Mánchester, y su regreso a la Ópera Estatal de Baviera, en Múnich.
Entre los compromisos recientes se encuentran Karl V, de Krenek, con la Ópera Estatal de Baviera, Múnich; Edipo Rex, Prigioniero y Peleas y Melisenda en la Semperoper, Dresde; Peter Grimes y Orest, de Trojahn, en la Opernhaus de Zúrich; Billy Budd y La doncella, de Lachenmann, en Fráncfort; Mendi Mendiyan, de Usandizaga, La Pasión según San Juan y Salomé en Bilbao; y La carrera del libertino en Budapest, además de conciertos en Oslo, Estocolmo, Madrid, Estrasburgo, Lisboa, Basilea, Aspen y en el Interlochen Arts Camp.
En 2009 fue galardonado con el Premio Sir Georg Solti por la Fundación Solti U.S.