Juanjo Mena es uno de los directores españoles más reconocidos del circuito internacional. Ha sido director titular de la Filarmónica de la BBC, principal director invitado de la Orquesta Filarmónica de Bergen y del Teatro Carlo Felice de Génova, y director titular y artístico de la Orquesta Sinfónica de Bilbao.
Dirige prestigiosas formaciones, como las filarmónicas de Berlín, Londres, de la Scala (Milán), Oslo y Róterdam, las sinfónicas de la Radio de Baviera, Bamberg, y NHK de Tokio; la Orquesta Nacional de Francia y la Gewandhaus de Leipzig. También ha dirigido las más importantes orquestas nortea-mericanas: las sinfónicas de Chicago o Cincinnati; las filarmónicas de Nueva York y Los Ángeles y las orquestas de Cleveland o Filadelfia, entre otras muchas. Aparece regularmente al frente de la Sinfónica de Boston.
Juanjo Mena ha realizado una serie de grabaciones con la Filarmónica de la BBC para el sello discográfico Chandos y ha grabado la Sinfonía Turangalila de Messiaen con el sello discográfico Hyperion y con la Filarmónica de Bergen.
En 2016 Juanjo Mena fue galardonado con el Premio Nacional de Música en la modalidad de Interpretación.